在治疗卵巢囊肿时应考虑患者的年龄，囊肿是否恶化，以及囊肿的部位、体积、大小、生长速度等，同时还应该考虑是否保留生育功能及患者自己的主观愿望等。绝大多数的卵巢囊肿属于良性，因此不可盲目进行手术治疗。卵巢囊肿的治疗方法具体如下：
1、良性囊肿治疗
（1）普通治疗
如果是单纯性囊肿，没有分隔，没有囊内乳头，没有钙化等复杂的特征，基本上是良性，可以保守观察。4-8周后复查时囊肿通常会变小或者消失。如果囊肿不消失，但是超声显示仍是单纯性囊肿，仍然可以继续严密观察。卵巢生理性囊肿如合并月经紊乱等内分泌症状者，可口服药物治疗以减轻症状，但对于病理性囊肿，目前还没发现有明确疗效的口服药物。
（2）手术治疗
卵巢囊肿切除术，年轻患者尤其是绝经前患者多采用此种术式，而尽可能保留正常的卵巢组织。
输卵管卵巢切除术，年龄较大（45岁以上）或绝经后患者，可行行一侧或双侧输卵管卵巢切除术。
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